我國是人口大國，未來10年要增產(chǎn)500億斤糧食。因此，如何協(xié)調(diào)好復(fù)種指數(shù)持續(xù)下降與國家糧食安全之間的矛盾是耕作制度面臨的首要問題。
其次，機(jī)械化發(fā)展與耕作制度革新之間的矛盾。
這一矛盾是農(nóng)機(jī)農(nóng)藝配套難的問題。盡管我國農(nóng)業(yè)機(jī)械化取得了一定程度的發(fā)展，但總體程度提高緩慢。目前，全國機(jī)械化耕地、播種和收獲作業(yè)的水平分別為57%、33%、27%，耕種綜合機(jī)械化水平為41%，但由于耕作制度對機(jī)械化作業(yè)的主動適應(yīng)性不夠，加上一家一戶的小農(nóng)生產(chǎn)方式無法實(shí)現(xiàn)連片機(jī)械化操作，因此，如何協(xié)調(diào)好機(jī)械化發(fā)展與耕作制度革新之間的矛盾是耕作制度存在的重要問題。
第三，耕地質(zhì)量下降與地力培育之間的矛盾。
耕地質(zhì)量下降與地力培育之間的矛盾是用地與養(yǎng)地的問題，長期連作、耕層變淺、有機(jī)質(zhì)下降、肥力不均、水土流失等是我國大部分農(nóng)區(qū)普遍存在的問題，由于缺乏合理的輪作換茬、土壤耕作、合理施肥等技術(shù)的集成配套，導(dǎo)致耕地質(zhì)量下降。因此，如何協(xié)調(diào)耕地質(zhì)量下降與地力培育之間的矛盾是耕作制度存在的另一重要問題。
第四，氣候變化與耕作制度適應(yīng)性之間的矛盾。
氣候變化與耕作制度適應(yīng)性之間的矛盾是農(nóng)業(yè)氣象災(zāi)害與耕作制度適應(yīng)性的問題，中國在過去的50年中，由于氣候變暖造成了全國種植制度界限不同程度北移以及干旱、洪澇、高溫、低溫等農(nóng)業(yè)氣象災(zāi)害發(fā)生頻率增大，熟制的變化和氣象災(zāi)害的頻繁發(fā)生必將帶來不同區(qū)域耕作制度的相應(yīng)變化，因此，如何協(xié)調(diào)好氣候變化與耕作制度適應(yīng)性之間的矛盾是耕作制度面臨的又一重要問題。
東北地區(qū)的做法
東北三省和內(nèi)蒙古自治區(qū)東四盟是我國重要商品糧生產(chǎn)基地。新中國成立以來，東北地區(qū)農(nóng)業(yè)實(shí)現(xiàn)了跨越式發(fā)展，為我國糧食安全和主要農(nóng)產(chǎn)品供給作出了重要貢獻(xiàn)，耕作制度革新在其中發(fā)揮了十分重要的作用。
種植制度。東北地區(qū)作物結(jié)構(gòu)中以糧食作物為主，經(jīng)濟(jì)作物比重低，主要糧食作物是玉米、大豆、稻谷、春小麥、谷子、高粱等。歷史上該地區(qū)是高粱、谷子、大豆的傳統(tǒng)產(chǎn)區(qū)，新中國成立以來，玉米、水稻面積迅速擴(kuò)大，而谷子、高粱、春小麥則逐漸縮��；以一年一熟制為主。間作在歷史上較多，主要為玉米大豆間作，20世紀(jì)50年代是玉米大豆混作，70年代為玉米大豆間作及西部地區(qū)的林糧經(jīng)條帶間作，套作較少。輪作換茬較為普遍，過去主要有高粱—谷子—大豆或玉米—大豆—高粱輪作，隨著高粱面積的減少，現(xiàn)在的輪作方式主要是玉米—大豆輪作。東北地區(qū)隨著種植制度的調(diào)整，已經(jīng)成為我國重要的糧豆生產(chǎn)基地。
土壤耕作制度。東北地區(qū)以一年一熟為主，復(fù)種指數(shù)較低，同全國其他地方比較，土壤耕作有許多特點(diǎn)，并在不同時(shí)期的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中發(fā)揮了重要作用。自新中國成立以來，代表性的技術(shù)有上世紀(jì)50年代的苗眼鎮(zhèn)壓方法、馬爾采夫耕作法、深耕等；60年代的粑茬、壟平作、原壟播種等；70年代的土壤耕作創(chuàng)新技術(shù)—深松耕作、免中耕等；80年代的覆蓋免耕、水田翻旋結(jié)合耕作、水田深松等；90年代至今的保護(hù)性耕作技術(shù)體系，其中有代表性的遼寧省的淺旋覆蓋、高留茬播種、深松覆蓋、免耕覆蓋等，吉林省的原壟留茬播種結(jié)合苗期深松少耕、壟向區(qū)田、寬窄行留高茬交替休閑種植、玉米留高茬行間直播、玉米留茬壟側(cè)播種、秸稈還田等；黑龍江省的少免耕、原壟卡種等。上述很多做法已經(jīng)在生產(chǎn)上廣泛應(yīng)用，推動了當(dāng)?shù)剞r(nóng)業(yè)的發(fā)展。
施肥制度。肥料是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的重要物質(zhì)基礎(chǔ)，合理的施肥制度是一項(xiàng)重要的增產(chǎn)措施。東北地區(qū)的施肥制度主要經(jīng)歷了三個(gè)階段：只施農(nóng)肥、農(nóng)肥化肥結(jié)合、有機(jī)無機(jī)配合施用的同時(shí)實(shí)施測土配方施肥。上世紀(jì)50年代主要以農(nóng)肥培肥土壤，每畝平均施用化肥量還不到0.5kg。60年代以硫酸銨、硝酸銨為代表的化肥開始應(yīng)用，之后由氮肥為主過渡到氮磷結(jié)合，尿素和磷肥開始廣泛應(yīng)用。80年代，化肥向高含量方向發(fā)展，以尿素為主的氮肥和以磷酸二銨為主的復(fù)合肥成為主要代表，同時(shí)鋅肥、硼肥等微肥也得到應(yīng)用。90年代至今，在有機(jī)無機(jī)配合施用的同時(shí)實(shí)行測土配方施肥。同時(shí)，部分地區(qū)還發(fā)展了“綠肥”，主要通過糧草（草木樨、沙打旺等）輪作，起到了一定程度的肥田作用。不同時(shí)期的施肥制度，為糧食增產(chǎn)、改善和提高土壤肥力起到了重要作用。